При установке SmartGit выбрала вариант: 30 day trial and then you have to buy it. Во время этого срока поняла, что инструментом пользоваться удобно и решила, что после истечения срока выберу вариант с некоммерческим использованием, но через 30 дней оказалось, что такой вариант выбрать нельзя.

Для того, что бы после окончания 30 дневного срока использования окно с выбором типа установки SmartGit в ubuntu стало доступно необходимо:
1. перейти в директорию /.smartgit/<версия SmartGit> (у меня это /home/user/.smartgit/6)
2. удалить settings.xml (/home/olga/.smartgit/6/settings.xml)
И все :)
Если вы часто обновлялись, то следует удалить директорию /updates там же (/home/user/.smartgit/).

После этих манипуляций при запуске SmartGit перед вами появится окно с выбором использования программы.

Говорят (но лично не проверяла) , что для других систем необходимо сделать то же самое, только директории другие:
Windows: %APPDATA%\syntevo\SmartGit\<версия SmartGit>
OS X: ~/Library/Preferences/SmartGit/<версия SmartGit>