Когда только начала пользоваться xdebug в Netbeans, то была проблема с тем, что в точке входа проекта xdebug всегда останавливал скрипт, хотя breakpoint там не стоял. Спустя некоторое время, догадалась посмотреть настройки xdebug в Tools->Options->PHP->debugging, где нашла включенной настройку Stop at first line, сняв которую проблема с остановкой скрипта решилась.