Git отслеживает изменение прав на файлы проекта, если по каким-то причинам вам это не надо или вас это просто утомило, а особенно сообщения плана
old mode 100755 new mode 100644, то отключите эту фичу простой командой git -c core.fileMode=false diff, подробнее здесь о git config